O mestrado em Ciências do Mar é multidisciplinar permitindo diversos perfis de interesse (incluindo trabalho de campo, de laboratório, de análise de dados) e de aquisição de competências. As Unidades Curriculares (UC) são todas opcionais, no entanto, os alunos devem ter pelo menos uma UC em cada área:  duas UC em Ciências da Vida (CVIDA),  duas UCs em Ciências da Terra (CTerra) e uma UC em Ciências e Tecnologias Químicas (CTQ) . Há um leque de UCs recomendadas, cujos conteúdos estão coordenados, com horários concordantes. Os alunos têm também a possibilidade de frequentar UCs dos mestrados em Ecologia Marinha, Geologia e Ciências Geofísicas, consoante o perfil que pretendem obter; têm ainda a possibilidade de escolher UCs de outras áreas científicas (ver opções de UCs).  Em cada semestre, os alunos têm de realizar o total de 30 ECTS por semestre, ou seja, 5 UCs de 6ECTS.